Verschil tussen Proteomics en Transcriptomics

De grootste verschil tussen proteomics en transcriptomics is dat het proteomics is de studie van de volledige set van eiwitten die door een bepaald organisme wordt geproduceerd, terwijl de transcriptomics de studie is van de volledige set van mRNA gesynthetiseerd door een bepaald organisme.

Proteomics en transcriptomics zijn twee gebieden waarin de genexpressie van een bepaald organisme wordt bestudeerd.

Key Areas Covered

1. Wat is Proteomics
     - Definitie, feiten, toepassingen
2. Wat is Transcriptomics
     - Definitie, feiten, toepassingen
3. Wat zijn de overeenkomsten tussen Proteomics en Transcriptomics
     - Overzicht van gemeenschappelijke functies
4. Wat is het verschil tussen Proteomics en Transcriptomics
     - Vergelijking van belangrijke verschillen

Sleutelbegrippen

Toepassingen, mRNA, Proteïnen, Proteomics, Technieken, Transcriptomics

Wat is Proteomics

Proteomics is de grootschalige studie van proteomen. Het proteoom verwijst naar de gehele reeks eiwitten die door een bepaald organisme of een cel wordt geproduceerd. Daarom heeft een bepaald type organisme of cel een uniek proteoom. De belangrijkste onderzoeksgebieden van proteomics zijn als volgt.

• 3D-structuurvoorspelling van een eiwit;
• Detectie van de locatie en de tijd van de eiwitsynthese;
• De snelheid van de productie van eiwitten, degradatie en steady-state-abundantie;
• Eiwitaanpassingen zoals post-translationele modificaties;
• Eiwittransport tussen subcellulaire compartimenten;
• Betrokkenheid van eiwitten in metabole routes;
• Interactie van eiwitten met elkaar.

  Figuur 1: Voorbeelden van eiwitstructuren beschikbaar van het PDB

Verschillende high-throughput technologieën zoals massaspectroscopie en verschil in gelelektroforese (DIGE) zijn betrokken bij de proteomische studies.

Wat is Transcriptomics

Transcriptomics is de studie van het transcriptoom van een bepaald organisme of cel. Transcriptoom verwijst naar de volledige set van mRNA in het organisme of de cel. Het verwijst echter soms ook naar de volledige set RNA. Transcriptome varieert met de omgevingscondities waarmee het organisme of de cel te maken heeft. Daarom geeft het de reeks RNA weer die op een bepaalde tijd is uitgedrukt onder een gegeven reeks omstandigheden. Transcriptomics omvat het onderzoek naar zowel de expressieprofilering als de slice-variantanalyse. DNA-microarrays en het RNA Seq zijn de twee belangrijkste technologieën die worden gebruikt in transcriptomics.

Figuur 2: Microarray en RNA Seq

Overeenkomsten tussen Proteomics en Transcriptomics

• Proteomics en transcriptomics zijn twee soorten velden die genexpressie van een bepaald organisme of een type cellen bestuderen.
• High-throughput-technieken worden gebruikt in zowel proteomics als transcriptomics.

Verschil tussen Proteomics en Transcriptomics

Definitie

De proteomica verwijst naar de studie van proteomen en hun functies, terwijl de transcriptomica verwijst naar de studie van transcriptomen en hun functies.

Soort studie

Proteomics bestudeert de gehele set van eiwitten die tot expressie wordt gebracht terwijl transcriptomics de volledige set mRNA bestudeert die tot expressie wordt gebracht in een bepaald organisme.

Fenomenen

De proteomica bestudeert de 3D-structuur en functie van eiwitten en eiwit-eiwit-interacties, terwijl transcriptomics de sequentiestructuur, interacties met de omgeving en toepassingen van mRNA bestudeert..

technieken

Proteomics omvat massaspectroscopie en verschil-gelelektroforese (DIGE), terwijl transcriptomics DNA-microarray en RNA Seq als technieken omvat.

Belangrijke gebieden

Enkele van de belangrijke gebieden van proteomica zijn ontwikkelingen van de proteoom-database zoals SWISS-2DPAGE en softwareontwikkeling voor computerondersteund medicijnontwerp, terwijl transcriptomics betrekking heeft op de studie van cellulaire differentiatie, carcinogenese, moleculaire mechanismen en signaalroutes, die de vroege embryonale ontwikkeling controleren, zoals biomarkers voor de risicobeoordeling van geneesmiddelen of chemicaliën, en het afleiden van fylogenetische relaties tussen individuen.

Conclusie

Proteomics is de studie van de volledige set van eiwitten van een bepaald organisme, terwijl de transcriptomics de studie is van de gehele set van mRNA van het organisme. Daarom is het belangrijkste verschil tussen proteomica en transcriptomics het type onderzoek.

Referentie:

1. "Wat is Proteomics?" Proteomics: een inleiding tot EMBL-EBI Resources, 8 juni 2016, hier beschikbaar
2. Lowe, Rohan et al. "Transcriptomics Technologies." PLoS Computational Biology 13.5 (2017): e1005457. PMC. Web. 10 juli 2018, hier beschikbaar

Afbeelding met dank aan:

1. "Proteïne-structuurvoorbeelden" door Axel Griewel - Eigen werk (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia
2. "Microarray en sequencing flow cell" door Thomas Shafee - Eigen werk (CC BY 4.0) via Commons Wikimedia