Verschil tussen sonde en primer

Belangrijkste verschil - Probe vs Primer

PCR is een techniek die in de biotechnologie wordt gebruikt om specifieke DNA-fragmenten voor verschillende doeleinden te amplificeren. Probe en primer zijn twee soorten enkelstrengige oligonucleotiden die worden gebruikt in verschillende soorten PCR. Probes worden voornamelijk gebruikt in qPCR, terwijl synthetische primers worden gebruikt in elk type PCR. De grootste verschil tussen sonde en primer is die sonde probe wordt gebruikt om de aanwezigheid van een specifiek DNA-fragment in het mengsel te detecteren door middel van de hybridisatie met een dubbelstrengs DNA, terwijl primer wordt gebruikt bij de initiatie van de polymerasekettingreactie door hybridisatie met enkelstrengig DNA. In het algemeen worden primers gebruikt bij het initiëren van DNA-replicatie in de cel. Probes worden ook gebruikt in hybridisatiereacties.

Key Areas Covered

1. Wat is een sonde
     - Definitie, ontwerp, belang
2. Wat is een primer
     - Definitie, ontwerp, belang
3. Wat zijn de overeenkomsten tussen Probe en Primer
    - Overzicht van gemeenschappelijke functies
4. Wat is het verschil tussen probe en primer
   - Vergelijking van belangrijke verschillen

Sleutelbegrippen: hybridisatie, oligonucleotiden, PCR, primer, probe, QPCR

Wat is een sonde

Probe is een fragment van DNA of RNA dat wordt gebruikt om de aanwezigheid van een specifiek DNA-fragment in een monster te detecteren. Daarom kunnen probes worden gebruikt voor twee soorten technieken, in qPCR en in hybridisatiereacties. Vier feiten moeten worden overwogen bij het ontwerpen van een sonde.

1. Plaats - De sondes zouden moeten hybridiseren met de DNA-streng in een dichte nabijheid van de omgekeerde of voorwaartse primer. Maar het mag de primerbindende sites niet overlappen. In het algemeen hybridiseren probes met elke streng van de DNA-duplex.
2. Smelttemperatuur (Tm) - De smelttemperatuur van de sonde moet 6-8 ° C hoger zijn dan die van de primers.
3. Gloeitemperatuur (Ta) - De hybridisatietemperatuur van het experiment moet 5 ° C onder de smelttemperatuur van de primers liggen.
4. GC-inhoud - Het GC-gehalte van de sonde moet 35-65% zijn. Het 5'-uiteinde van de sonde mag geen G bevatten.

In qPCR worden probes gelabeld met fluorescente kleurstoffen of radioactieve elementen. Deze probes worden gehybridiseerd met de doelsequentie in de DNA-duplex. Verschillende soorten gelabelde probes, hetzij met radioactieve elementen of fluorescentie, worden ook gebruikt in verschillende soorten hybridisatiereacties. De hybridisatie van de PNA-probes met hun doelsequenties wordt getoond in Figuur 1. PNA-sondes worden gebruikt om de lengte van de telomeren te bepalen.

Figuur 1: Hybridisatie van PNA-probes

Tijdens hybridisatie binden probes op een complementaire manier aan het enkelstrengige DNA. 

Wat is een primer

Primer verwijst naar een korte DNA- of RNA-streng die dient als startpunt voor de DNA-synthese. RNA-primers worden in de cel gebruikt om de DNA-replicatie te initiëren met behulp van DNA-polymerase. Synthetische DNA-primers worden meestal in PCR gebruikt om het gewenste DNA-fragment te amplificeren. De doelsequentie wordt geflankeerd door twee primers die bekend staan ​​als voorwaartse primer en reverse primer. specificiteit en complementariteit zijn de belangrijkste factoren bij het ontwerpen van primers. Secundaire structuren moeten ook worden vermeden. Andere factoren die moeten worden overwogen tijdens het ontwerpen van primers worden hieronder beschreven.

1. Smelttemperatuur (Tm) - De optimale smelttemperatuur van zowel voorwaartse als teruggaande primer moet 60-64 ° C zijn.
2. Gloei temperatuur - De hybridisatietemperatuur van het experiment moet 5 ° C lager zijn dan de smelttemperatuur van elke primer.
3. GC-inhoud - Het GC-gehalte van primers moet 35-65% zijn.

Het hybridiseren van de voorwaartse en de omgekeerde primer met de twee strengen van het doel-DNA wordt getoond in Figuur 2.

Figuur 2: Primer-gloeiing

Bij DNA-sequentiebepaling worden primers gebruikt bij de amplificatie van het doelwitfragment. Primers kunnen worden gelabeld met radioactieve elementen of fluorescentie voor verschillende detectiedoeleinden. 

Overeenkomsten tussen Probe en Primer

• Probe en primer zijn twee soorten enkelstrengige oligonucleotiden die in verschillende PCR-technieken worden gebruikt om te hybridiseren met complementair DNA.
• Zowel de probe als de primer zijn specifiek voor een bepaald DNA-fragment.
• Zowel probe als primer kunnen DNA / RNA zijn.
• Beide probes en primer hebben specifieke temperaturen om met de doelwitsequentie te versmelten.
• Zowel de probe als de primer kunnen worden verward met een fluorofoor voor de detectie.

Verschil tussen sonde en primer

Definitie

Sonde: Probe is een fragment van DNA of RNA dat wordt gebruikt om de aanwezigheid van een specifiek DNA-fragment in een monster te detecteren.

primer: Primer is een korte DNA- of RNA-streng die dient als startpunt voor DNA-synthese.

Rol

Sonde: Probes worden gebruikt om een ​​specifiek DNA-fragment in qPCR te detecteren.

primer: Primers worden gebruikt om de DNA-replicatie te initiëren. Het wordt ook gebruikt bij het starten van de PCR.

Lengte

Sonde: De lengte van een sonde kan variëren van 25-1000 basenparen.

primer: De lengte van een primer kan variëren van 18-22 basenparen.

Hybridisatie

Sonde: Probes worden gehybridiseerd met dubbelstrengig DNA.

primer: Primers worden gehybridiseerd met enkelstrengig DNA.

labeling

Sonde: Probes worden over het algemeen gelabeld met een fluorofoor voor de detectie.

primer: Primers kunnen worden geëtiketteerd op basis van het doel.

Conclusie

Probe en primer zijn twee soorten enkelstrengs oligonucleotiden die worden gebruikt in verschillende soorten PCR. Probes worden gebruikt bij de detectie van specifieke DNA-fragmenten in qPCR. Primers worden gebruikt om DNA-replicatie in de cel te initiëren en ze worden ook gebruikt bij het starten van PCR. Daarom is het belangrijkste verschil tussen sonde en primer hun doel.

Referentie:

1. Ontwerp van PCR-primers en -sondes, Geïntegreerde DNA-technologieën, hier beschikbaar.

Afbeelding met dank aan:

1. "Q-FISH-workflow" door Jclam op Engelse Wikipedia (CC BY 3.0) via Commons Wikimedia
2. "Primers RevComp Elongation" door Richard Wheeler (Zephyris) - Eigen werk (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia