Verschil tussen kolonie en plakhybridisatie

De grootste verschil tussen kolonie en plaquehybridisatie is dat het koloniehybridisatie is de methode die wordt gebruikt bij de selectie van bacteriële kolonies met de gewenste genen, terwijl de plaquehybridisatie de selectiewerkwijze van fagen met gewenste genen is. Verder kan koloniehybridisatie worden gebruikt bij het screenen van plasmide- of cosmide-gebaseerde bibliotheken, terwijl plaquehybridisatie kan worden gebruikt bij het screenen van faagbibliotheken..

Kolonie- en plaquehybridisatie zijn twee technieken die worden gebruikt bij het screenen van genomische of cDNA-bibliotheken. Ze worden ook genoemd kolonie lift en plaque lift respectievelijk.

Key Areas Covered

1. Wat is koloniehybridisatie
     - Definitie, type bibliotheken, screeningmethoden
2. Wat is plaquehybridisatie
     - Definitie, type bibliotheken, screeningmethoden
3. Wat zijn de overeenkomsten tussen kolonisatie en plakhybridisatie
     - Overzicht van gemeenschappelijke functies
4. Wat is het verschil tussen kolonisatie en plakhybridisatie
     - Vergelijking van belangrijke verschillen

Sleutelbegrippen

Kolonie, koloniehybridisatie, bibliotheekonderzoek, plaque, plaquehybridisatie

Wat is koloniehybridisatie

Koloniehybridisatie is een screeningsmethode die wordt gebruikt bij de selectie van bacteriële kolonies met een gewenste DNA-sequentie. Het wordt ook genoemd kolonie blot hybridisatie, kolonielift of replica plating. Het maakt de screening van kolonies bedekt met een hoge dichtheid. De oorspronkelijke procedure voor koloniehybridisatie werd voor het eerst ontwikkeld door Grunstein en Hogness. Ten eerste kunnen de bacteriekolonies op een membraan worden getransformeerd en worden de bacteriekolonies gelyseerd, waardoor de nucleïnezuren worden blootgesteld. Vervolgens worden de blootgestelde nucleïnezuren op het membraan gefixeerd door ze te denatureren en worden ze gehybridiseerd met de radioactieve sondes.

Figuur 1: Koloniehybridisatiemethode

Een kolonie is een cluster van bacteriën die is ontwikkeld uit een enkele bacteriecel door de aseksuele reproductie. Vandaar dat alle bacteriële cellen in een bepaalde kolonie dezelfde genetische samenstelling hebben, evenals het getransformeerde genetische materiaal. In het algemeen worden bacteriën getransformeerd met behulp van plasmide- of cosmide-vectoren.

Wat is plaquehybridisatie

Plaquehybridisatie is de screeningswerkwijze voor recombinante fagen. Het is een wijziging van koloniehybridisatie door Benton en Devis in 1977. De methode wordt ook wel genoemd plaque lift. Plaquehybridisatieprocedure is vergelijkbaar met de koloniehybridisatieprocedure en de plaques worden opgeheven door ze in contact te brengen met een nitrocellulosemembraan. Nucleïnezuren worden vervolgens blootgesteld en gefixeerd op het membraan, hybridiserend met gewenste probes.

Figuur 2: Plaques op een agarplaat

Een plaque is een heldere zone op een agarplaat geproduceerd door een bepaalde bacteriofaag door de lysis van bacteriële cellen in dat gebied. Vanwege de kleinere hoeveelheid DNA die wordt overgebracht op het nitrocellulosemembraan, produceert plaquehybridisatie minder achtergrondsignalen.

Overeenkomsten tussen kolonisatie en plakhybridisatie

• Kolonie- en plaquehybridisatie zijn twee technieken die worden gebruikt bij het screenen van genomische of cDNA-bibliotheken.
• Het belangrijkste principe in beide technieken is de nucleïnezuurhybridisatie.
• Beide zijn filterhybridisatiemethoden, die het primair screenen van bibliotheken mogelijk maken door situ-replicatie op een nitrocellulosemembraan.
• Ze bieden screening met hoge dichtheid.
• Een enkelstrengig DNA-molecuul wordt gebruikt als een probe, die kan hybridiseren met de complementaire sequentie ervan om de specifieke sequenties te identificeren.
• Beide hybridisatietechnieken zijn snel en kunnen een zeer groot aantal klonen aan.
• Ze worden gebruikt bij de identificatie van onvolledige gensequenties, die niet kunnen worden uitgedrukt.

Verschil tussen kolonie en plakhybridisatie

Definitie

Koloniehybridisatie verwijst naar een werkwijze voor het selecteren van bacteriekolonies met gewenste genen terwijl plaque-hybridisatie verwijst naar een screeningswerkwijze die wordt gebruikt bij de identificatie van recombinante fagen..

Ontwikkeld door

De koloniehybridisatie werd voor het eerst ontwikkeld door Grunstein en Hogness terwijl de plaque-hybridisatie voor het eerst werd ontwikkeld door Benton en Devis in 1977.

Soorten bibliotheken

Koloniehybridisatie omvat de identificatie van plasmide- of cosmide-gebaseerde bibliotheken terwijl plaquehybridisatie de identificatie van faagbibliotheken omvat..

Aantal liften

Kolonies kunnen een enkele keer worden opgetild, terwijl plaques meerdere keren kunnen worden opgetild.

Achtergrondsignalen

Meer achtergrondsignalen komen voor in de koloniehybridisatie terwijl de achtergrondsignalen minder plaquehybridisatie hebben.

Conclusie

De koloniehybridisatie is een screeningsmethode van bacteriële kolonies in de bibliotheken geproduceerd met plasmide- of cosmidevectoren. Aan de andere kant is plaquehybridisatie een screeningsmethode van bacteriofagen in de faagbibliotheken. Het belangrijkste verschil tussen kolonie en plaquehybridisatie is het type bibliotheken dat in elke methode wordt gescreend.

Referentie:

1. Kaksonen, Anna. "Moleculaire benaderingen voor microbiële gemeenschapsanalyse." Uitloging - BioMineWiki, 20 april 2006, hier beschikbaar
2. Dale, J W en P J Greenaway. "Identificatie van recombinante fagen door middel van plakhybridisatie." Methoden in moleculaire biologie (Clifton, N.J.)., Amerikaanse National Library of Medicine, hier beschikbaar

Afbeelding met dank aan:

1. "Blot Hybridization" door Kaksonen - http://wiki.biomine.skelleftea.se/biomine/molecular/index_22.htm (Public Domain) via Commons Wikimedia 
2. "M. smegmatis plaque "By Wazzzup7up - Eigen werk (Public Domain) via Commons Wikimedia