Verschil tussen SYBR Green en Taqman
Share
Belangrijkste verschil - SYBR Green vs Taqman
SYBR Green en Taqman zijn twee methoden die worden gebruikt om het amplificatieproces van real-time PCR te detecteren of te bekijken. SYBR Green is een methode op basis van intercalerende nucleïnezuurkleuring, terwijl Taqman een methode is op basis van de hydrolyseprobe. Beide technologieën zijn ontworpen om fluorescentie te genereren tijdens de PCR, waardoor een real-time PCR-machine de reactie in "real time" kan volgen. SYBR Green-methode wordt uitgevoerd met een fluorescerende kleurstof genaamd SYBR-groen en detecteert de amplificatie door de kleurstof te binden aan geproduceerd dubbelstrengig DNA. Taqman wordt uitgevoerd met behulp van dual-labelde probes en detecteert de amplificatie door degradatie van de probe door Taq-polymerase en releases van de fluorofoor. Dit is het belangrijkste verschil tussen SYBR Green en Taqman.
INHOUD
1. Overzicht en belangrijkste verschil
2. Wat is SYBR Groen
3. Wat is Taqman
4. Vergelijking zij aan zij - SYBR Green vs Taqman
5. Samenvatting
Wat is SYBR Groen?
SYBR Green is een fluorescerende kleurstof die wordt gebruikt voor het kleuren van nucleïnezuren, met name dubbelstrengs DNA in Molecular Biology. SYBR Green-methode wordt gebruikt om PCR-producten te kwantificeren tijdens de real-time PCR. Zodra het zich bindt met DNA, absorbeert het resulterende DNA-kleurstofcomplex blauw licht en zendt het intens groen licht uit. Het gebeurt als gevolg van de structurele verandering die optreedt in het kleurstofmolecuul na binding aan dubbelstrengs DNA. Wanneer PCR meer en meer DNA creëert, binden meer kleurstofmoleculen zich met DNA, waardoor meer fluorescentie wordt gegenereerd. Daarom neemt de fluorescentie toe met de accumulatie van PCR-producten. Derhalve kan de hoeveelheid PCR-product kwantitatief worden gemeten door de SYBR groene fluorescentiedetectie.
SYBR groene kleurstof kan ook worden gebruikt voor DNA-labeling in cytometrie en fluorescentiemicroscopie. Ethidiumbromide is met succes vervangen door SYBR Green omdat Ethidiumbromide een carcinogene kleurstof is met verwijderingsproblemen tijdens DNA-visualisatie in de gelelektroforese.
Er zijn voordelen en nadelen van de SYBR-groene methode. Deze methode is erg gevoelig, goedkoop en gemakkelijk te gebruiken. Vanwege zijn vermogen om te binden aan elk dubbelstrengig DNA, kan niet-specifieke binding echter leiden tot over kwantificering van PCR-product.
Figuur 01: SYBR Green Technique
Wat is Taqman?
Taqman is een alternatieve methode voor SYBR Green om real-time PCR-processen te volgen. Deze methode hangt af van de 5 '- 3' exonuclease-activiteit van Taq-polymerase-enzym om de probes af te breken tijdens de verlenging van de nieuwe streng en afgifte van fluorofoor. Duaal-gelabelde sondes worden gebruikt in deze methode en het is gebaseerd op de hydrolyse van sondes. Probes zijn fluorescent gelabelde DNA-oligonucleotiden met een fluorescerend reportermolecuul (fluorofoor) aan het 5'-uiteinde en een uitdovermolecuul aan het 3'-uiteinde. Ze zijn ontworpen om te binden aan de enkelstrengs sjabloon aan de andere kant van de primer. Taq-polymerase voegt nucleotiden aan de primer toe en breidt de nieuwe streng uit naar de tweevoudig gemerkte probes. Zodra het Taq-polymerase de probe ontmoet, activeert exonuclease-werking van het Taq-polymerase de probe en degradeert deze. Zodra het de synthese van de nieuwe streng heeft voltooid, wordt de probe onderworpen aan volledige afbraak en laat de fluorofoor vrij. De afgifte van fluorofoor genereert fluorescentie. Fluorescerende Quencher-molecule dooft op efficiënte wijze het geëmitteerde licht en creëert de uitvoer voor kwantificatie van het PCR-product. De afgifte van fluoroforen en de hoeveelheid PCR-producten zijn proportioneel. Vandaar dat kwantificering eenvoudig kan worden gedaan met de Taqman-methode.
Figuur 02: Taqman-methode
Taqman-methode wordt gebruikt in real-time PCR, kwantificering van genexpressie, detectie van genetische polymorfismen, kwantificering van chromosomale DNA-deleties, bacteriële identificatie, verificatie van microarray-analyse, SNP-genotypering, enz..
Wat is het verschil tussen SYBR-groen en Taqman?
SYBR Green vs Taqman | |
| SYBR Green is gebaseerd op DNA-bindende kleurstof. | Taqman is afhankelijk van hybridisatieprobes en 5 'naar 3'-exonuclease-activiteit van Taq-polymerase. |
| Fluorescent gelabelde probes | |
| Geen fluorescent gelabelde probes zijn niet vereist. | Sondes met dubbel gelabeld zijn vereist. |
| Multiplex genanalyse | |
| Het kan niet worden gebruikt voor multiplex-gendoelen. | Het kan worden gebruikt voor multiplex-gendoelen. |
| Kosten | |
| Dit is minder duur. | Dit is duurder. |
| specificiteit | |
| Dit is minder specifiek en bindt aan elk dubbelstreng-DNA | Deze zijn zeer specifiek omdat probes de specifieke amplificatieproducten detecteren. |
| effectiviteit | |
| Dit is minder effectief. | Dit is zeer effectief. |
| Toepassing | |
| Dit wordt gebruikt in real-time PCR, agarosegelvisualisatie, DNA-labeling, enz. | Dit wordt gebruikt in real-time PCR, kwantificering van genexpressie, detectie van genetische polymorfismen, enz. |
Samenvatting - SYBR Groen en Taqman
Taqman en SYBR groen zijn twee methoden die worden gebruikt in real-time PCR (kwantitatieve PCR). Beide methoden maken de kwantificering van het PCR-product efficiënt mogelijk en vertrouwen op de emissie van de fluorescentie. Taqman-methode maakt gebruik van dual-labelde sondes voor de detectie van het geaccumuleerde DNA, terwijl de SYBR Green-methode een fluorescerende kleurstof gebruikt. Beide methoden hebben ook verschillende toepassingen in de moleculaire biologie.
Referentie:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour en Shaghayegh Haghjooy Javanmard. "Vergelijking van SYBR Green en TaqMan-methoden in kwantitatieve real-time polymerase-kettingreactieanalyse van vier adenosinereceptorsubtypen." Advanced Biomedical Research. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13 maart 2017.
2. "Real-time PCR basisprincipes." Real Time PCR, Quantitative (qPCR), Primers & Mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Web. 13 maart 2017.
3. "SYBR groene en andere real-time PCR-kleurstoffen." Biocompetitie. N.p., 05 april 2010. Web. 14 maart 2017
Afbeelding met dank aan:
1. "PCR with SYBR green" By -Ygonaar 23:09, 7 maart 2006 (UTC) - Het is een grafiek gemaakt door Ygonaar met Power point, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ index.php? curid = 619.528
2. "Taqman" Per gebruiker: Braindamaged - Eigen werk (Public Domain) via Commons Wikimedia
