Hoe een plasmidekaart te lezen

Een plasmidekaart is de relatieve positie van de elementen binnen het plasmide. Een plasmidekaart kan worden gelezen door de kenmerken van het plasmide te begrijpen. Ze zijn de naam en de grootte van het plasmide, de elementen van het plasmide, hun relatieve posities en de oriëntatie van de promotor. De oorsprong van replicatie (ORI), antibioticumresistentiegen, multipele kloneringsplaats (MCS), insert of gen van belang, promotorgebied, selecteerbare marker en primerbindingsplaats zijn de elementen van een plasmide. De relatieve posities van de elementen in een plasmide kunnen worden bepaald door het plasmide in kaart te brengen. Het proces dat betrokken is bij het in kaart brengen van plasmiden wordt restrictiekartering genoemd.

Key Areas Covered

1. Wat is een plasmakaart
     - Definitie, Restriction Mapping
2. Hoe een plasmidekaart te lezen
     - Kenmerken van een Plasmid MapP

Sleutelbegrippen: elementen, naam en grootte van het plasmide, oriëntatie van de promotor, plasmidekaart, restrictie-enzymen, beperking van de mapping

Wat is een plasmakaart

Een plasmidenkaart is een grafische weergave van een plasmide, dat de locaties van belangrijke oriëntatiepunten of elementen van het plasmide toont. De relatieve posities van elementen binnen een plasmide kunnen worden geïdentificeerd door beperking mapping. Een restrictiekaart is een kaart van restrictieherkenningsites binnen een bepaald plasmide. Daarom is het betrokken bij de digestie van het plasmide door restrictie-enzymen. Een restrictiekaart wordt getoond in Figuur 1.

Figuur 1: Restrictiekaart

Twee methoden kunnen worden gebruikt in restrictiekaarten:

1. Beperkingsdigestie

- Restrictiedigestie van het plasmide met één of twee restrictie-enzymen

- Het in kaart brengen van het plasmide op basis van de groottes van de fragmenten resulteerde uit het plasmide

2. Sequencing

- Sequencing van het hele plasmide

- Identificatie van de elementen van het plasmide

Hoe een plasmidekaart te lezen

Figuur 2: Plasmidekaart

Het lezen van een plasmidekaart concentreert zich voornamelijk op de kenmerken van het plasmide. Zij zijn;

1. De naam en de grootte van het plasmide

• De naam en de grootte van het plasmide worden aangegeven in het midden van het circulaire plasmide.

2. De elementen van een plasmide -

• Oorsprong van replicatie - de DNA-sequentie die betrokken is bij de start van replicatie door het gebruik van de bacteriële transcriptionele machine.
• Antibioticaresistentiegen - maakt de selectie van plasmide-bevattende bacteriën in een selectief medium mogelijk.
• Meervoudige kloneringsplaats - een korte sequentie die bestaat uit verschillende restrictieherkenningsplaatsen voor de insertie van een vreemd DNA-fragment
• Insert - het gen van belang ingevoegd in het plasmide
• Promotorregio - bindingsplaats voor RNA-polymerase tijdens transcriptie
• Selecteerbare marker - maakt de selectie mogelijk van succesvolle expressie van het ingevoegde gen
• Primerbindingsplaats - dient als de initiatieplaats voor de PCR-amplificatie van het plasmide voor het bepalen van de sequentie

3. De relatieve posities van de elementen binnen het plasmide

• De relatieve posities van de plasmide-elementen worden in kaart gebracht door restrictiekartering of sequencing.

4. De oriëntatie van de promotor 

• De oriëntatie van de promoter in het plasmide is belangrijk bij het bepalen van de oriëntatie van alle andere elementen van het plasmide, in het bijzonder de oriëntatie van het geïnsereerde gen. De transcriptie wordt gestart aan het 3'-uiteinde van de promoter. Vandaar dat het gen in de juiste oriëntatie moet zijn om tot expressie te worden gebracht.

Conclusie

Een plasmidenkaart kan worden gelezen door de kenmerken van de plasmidekaart te begrijpen, zoals de naam en de grootte van het plasmide, type elementen in het plasmide en hun relatieve posities, en de oriëntatie van de promotor..

Referentie:

1. "Wat is een plasmide?" Addgene, Beschikbaar Hier.

Afbeelding met dank aan:

1. "PDONR221-kaart" door Nothingserious - Analyse van sequentie: pDONR221. Addgene. Opgehaald op 24 januari 2016 (CC0) via Commons Wikimedia
2. "PGEX-3X cloning vector 'door Magnus Manske - Gemaakt door Magnus Manske (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia