Verschil tussen VNTR en STR

Belangrijkste verschil - VNTR vs STR

Herhaald DNA is het patroon van nucleïnezuren dat voorkomt in meerdere kopieën door het gehele genoom. Ze vormen de grootste proporties van het nucleaire DNA in eukaryoten. Tandemherhalingen zijn een van de hoofdtypen van repetitief DNA die repetitieve sequentie-eenheden kopiëren die naast elkaar liggen en een nucleotide blok vormen. VNTR (variable number tandem repeats) en STR (korte tandem repeats) zijn twee soorten tandemherhalingen die worden gevonden in het eukaryote genoom. VNTR is een type minisatelliet-DNA, terwijl STR een soort microsatelliet-DNA is. De grootste verschil tussen VNTR en STR is dat de repetitieve eenheid van VNTR is 10-60 basenparen terwijl de repetitieve eenheid van STR 2-6 basenparen is.

Key Areas Covered

1. Wat is VNTR
     - Definitie, kenmerken, belang
2. Wat is STR
     - Definitie, kenmerken, belang
3. Wat zijn de overeenkomsten tussen VNTR en STR
     - Overzicht van gemeenschappelijke functies
4. Wat is het verschil tussen VNTR en STR
     - Vergelijking van belangrijke verschillen

Belangrijkste termen: forensische genetica, microsatelliet, minisatelliet, herhalende nucleïne-eenheden, STR, tandem-herhalingen, VNTR

Wat is VNTR

VNTR verwijst naar een type tandemherhalingen waarbij een korte reeks nucleotiden (10-60 basenparen) een variabel aantal keren in een bepaalde locus wordt herhaald. Daarom staat VNTR ook bekend als minisatellites. VNTR's worden verspreid door de chromosomen van het eukaryotische genoom. Over het algemeen varieert het aantal herhaalde eenheden in een VNTR tussen individuen. Vandaar dat de lengte van de array gevormd door VNTR's ook varieert tussen individuen. Omdat het variante aantal chromosomen wordt overgenomen van ouders, kunnen ze worden gebruikt in de ouderlijke of persoonlijke identificatie. De variatie van VNTRs in zes individuen wordt getoond in Figuur 1.

Figuur 1: VNTR-variatie in individuen

VNTR's zijn de eerste soorten polymorfismen die bij DNA-profilering worden gebruikt om de DNA-kenmerken van een bepaalde persoon te bepalen. Ze worden ook gebruikt als genetische markers in RFLP (restrictiefragmentlengte-polymorfisme), een techniek die PCR, gelelektroforese en productie van bandpatronen door Southern Blotting gebruikt.. 

Wat is STR

STR verwijst naar een type tandemherhalingen waarbij een korte reeks nucleotiden (2-6 basenparen) een variabel aantal keren in een bepaalde locus wordt herhaald. STR's zijn een soort microsatellieten en ze zijn ook bekend als korte sequentieherhalingen (SSR's) in plantengenetica. De zich herhalende eenheden bestaande uit een enkele nucleotide zijn bekend als single nucleotide polymorphism (SNP). STR's zijn het meest voorkomende type genetische polymorfismen dat momenteel in forensische genetica wordt geanalyseerd. DNA-profilering met het gebruik van STR's als genetische markers is weergegeven in Figuur 2.

Figuur 2: DNA-profilering

Mutaties in sommige van de STR-regio's leiden tot genetische ziekten zoals het fragiele-X-syndroom en de ziekte van Huntington.

Overeenkomsten tussen VNTR en STR

• VNTR en STR zijn twee soorten tandemherhalingen.
• Zowel VNTR als STR zijn structurele regio's van het eukaryotische genoom.
• Zowel VNTR als STR bestaan ​​uit niet-coderend DNA.
• BothVNTR en STR worden overgenomen van ouders.
• Zowel VNTR als STR zijn samengesteld uit repetitieve sequenties, die naast elkaar in een array zijn gerangschikt.
• Zowel VNTR als STR produceren genetisch polymorfisme.
• Zowel VNTR als STR zijn verspreid over het hele genoom.
• Zowel VNTR als STR worden gebruikt als genetische markers in forensische genetica.
• Mutaties in zowel VNTR als STR leiden tot genetische ziekten.

Verschil tussen VNTR en STR

Definitie

VNTR: VNTR is een type van tandemherhaling waarin een korte reeks nucleotiden (10-60 basenparen) een variabel aantal keren in een bepaalde locus wordt herhaald.

STR: STR is een type tandemherhaling waarin een korte reeks nucleotiden (2-6 basenparen) een variabel aantal keren in een bepaalde locus wordt herhaald.

Aantal herhalende nucleotiden 

VNTR: VNTR bestaat uit 10-60 basenparen.

STR: STR bestaat uit 2-6 basenparen.

Type repetitief DNA

VNTR: VNTR is een type van minisatelliet DNA.

STR: STR is een type microsatelliet-DNA.

Aantal herhalingen

VNTR: VNTR bestaat uit 10-1.500 herhalingen in de array.

STR: STR bestaat uit 5-200 herhalingen in de array.

Grootte van de array

VNTR: VNTR vormt een reeks van 0,5-15 kb.

STR: STR vormt een array van 10-1000 bp.

Complexiteit van de array

VNTR: VNTR produceert heterogene matrices.

STR: STR produceert homogene matrices.

Conclusie

VNTR en STR zijn twee types tandemherhalingen die reeksen naburige repetitieve eenheden in het eukaryotische genoom vormen. VNTR bestaat uit relatief een lange herhalende eenheden van nucleotiden (10-60 basenparen). STR bestaat uit korte zich herhalende eenheden van nucleotiden (2-6 bp). Het belangrijkste verschil tussen VNTR en STR is de lengte van de herhalingseenheden van elk type tandemherhalingen.

Referentie:

1. "Tandemherhaling met variabel aantal." ScienceDirect-onderwerpen, hier beschikbaar.
2. "The Science of Forensic Genetics." CRG - Council for Responsible Genetics, hier beschikbaar.

Afbeelding met dank aan:

1. "D1S80Demo" door PaleWhaleGail op Engels Wikipedia (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia
2. "Stadia van genvingerafdrukken" door Sneptunebear16 - Eigen werk (CC BY-SA 4.0) via Commons Wikimedia