Verschil tussen RNA Seq en Microarray

De grootste verschil tussen RNA Seq en microarray is dat het RNA Seq (RNA Sequencing) maakt het mogelijk om nieuwe RNA- en RNA-varianten te analyseren, terwijl de microarray het mogelijk maakt het transcriptoom te analyseren met behulp van bekende RNA-sondes. Bovendien is RNA Seq een op sequencing gebaseerde techniek, terwijl microarray gebaseerd is op hybridisatie.

RNA Seq en microarray zijn twee technieken die worden gebruikt om het te analyseren transcriptoom, wat het totale mRNA is dat tot expressie wordt gebracht van een organisme. Ze maken het mogelijk de soorten RNA-moleculen te bepalen die in een bepaald cellulair stadium zijn gevormd.

Key Areas Covered

1. Wat is RNA Seq
     - Definitie, proces, significantie
2. Wat is Microarray
     - Definitie, proces, significantie
3. Wat zijn de overeenkomsten tussen RNA Seq en Microarray
     - Overzicht van gemeenschappelijke functies
4. Wat is het verschil tussen RNA Seq en Microarray
     - Vergelijking van belangrijke verschillen

Sleutelbegrippen

Genexpressieanalyse, hybridisatie, microarray, RNA Seq, sequentiebepaling

Wat is RNA Seq

RNA Seq (RNA-sequencing) is een techniek die de sequentie van RNA-moleculen in een monster bepaalt. RNA Seq omvat high-throughput shotgun-sequencing van cDNA-moleculen. cDNA wordt verkregen uit de reverse transcriptie van de RNA-moleculen. Next-generation sequencing omvat de bepaling van de sequentie van cDNA. RNA Seq maakt de bepaling van de RNA-sequentie en hun relatieve abundantie mogelijk.

Figuur 1: RNA Seq-proces

RNA Seq is een zeer betrouwbare techniek met een breed scala aan gevoeligheid. Daarom kan het zeldzame en weinig voorkomende RNA-sequenties detecteren. Het unieke kenmerk van RNA Seq is het vermogen om nieuwe RNA-sequenties en de splitsingsvarianten te identificeren.

Wat is Microarray

Microarray is een techniek die op grote schaal wordt gebruikt om de genexpressie van een bepaald organisme te analyseren. Het maakt gebruik van gedefinieerde probes die worden gehybridiseerd met de RNA-moleculen in het monster. De enkelstrengs probes zijn gehecht aan een vast oppervlak bekend als een chip waarmee het fluorescent gemarkeerde RNA-monster wordt gehybridiseerd. Genoomsequentiegegevens kunnen worden gebruikt om sondes te ontwerpen.

Figuur 2: Microarray-proces

Voor een snel en eenvoudig experiment is microarray de beste techniek in de analyse van genexpressie. Maar de sondes moeten op een dergelijke manier zijn ontworpen om splitsingsvarianten ook te detecteren.

Overeenkomsten tussen RNA Seq en Microarray

• RNA Seq en microarray zijn twee technieken die worden gebruikt in de genexpressie-analyse.
• Ze kunnen de soorten RNA-moleculen detecteren die aanwezig zijn in een monster op een bepaald tijdstip.
• Ze zijn afhankelijk van de RNA-sequentie.
• Beide technieken kunnen de primaire sequentie en de relatieve abundantie van het RNA in een monster bepalen.
• De reproduceerbaarheid van beide technieken is hoog.

Verschil tussen RNA Seq en Microarray

Definitie

De RNA Seq verwijst naar een op sequencing gebaseerde techniek die de RNA-sequenties in een monster detecteert, terwijl de microarray verwijst naar een op hybridisatie gebaseerde techniek die wordt gebruikt om de aanwezigheid van specifieke RNA-sequenties in een monster te detecteren.

Gebaseerd op

RNA Seq is een op sequencing gebaseerde techniek, terwijl microarray een op hybridisatie gebaseerde techniek is, uitgevoerd met bestaande probes.

Nieuwe reeksen identificeren

De RNA Seq kan nieuwe RNA-sequenties identificeren die in een monster aanwezig zijn, terwijl microarray alleen bekende sequenties kan identificeren.

Gevoeligheid

De gevoeligheid van RNA Seq is hoog, terwijl de gevoeligheid van microarray relatief laag is.

Nauwkeurigheid

De nauwkeurigheid van de RNA Seq-gegevens is hoog, terwijl de nauwkeurigheid van de microarraygegevens relatief laag is.

SNP-detectie

RNA Seq kan SNP identificeren, behalve de novo SNP's voor RNA's met lage abundanties, terwijl microarray SNP's niet kan detecteren.

Kosten

Het RNA Seq is duur ($ 300 - $ 1000 / monster) vanwege de uitgebreide bio-informatica-analyse die vereist is door de methode, terwijl microarray goedkoper is ($ 100-200 / sample).

Conclusie

RNA Seq is een op sequencing gebaseerde techniek die wordt gebruikt om de RNA-sequenties te bepalen die in het transcriptoom aanwezig zijn, terwijl microarray specifieke probes gebruikt om de aanwezigheid van bepaalde sequenties in het transcriptoom te detecteren. Microarray kan geen nieuwe RNA-sequenties detecteren, evenals minder overvloedige RNA-sequenties. Maar in RNA Seq kunnen alle RNA-sequenties in het monster worden geïdentificeerd. Daarom is het belangrijkste verschil tussen RNA Seq en microarray het type detectie.

Referentie:

1. Kukurba, Kimberly R. en Stephen B. Montgomery. "RNA-sequentiebepaling en analyse." Cold Spring Harbor-protocollen 2015.11 (2015): 951-969. PMC. Web. 3 juli 2018, hier beschikbaar
2. Govindarajan, Rajeshwar et al. "Microarray en zijn toepassingen." Journal of Pharmacy & Bioallied Sciences 4.Suppl 2 (2012): S310-S312. PMC. Web. 3 juli 2018, hier beschikbaar

Afbeelding met dank aan:

1. "Samenvatting van RNA-Seq" door Thomas Shafee - Eigen werk (CC BY 4.0) via Commons Wikimedia
2. "Samenvatting van RNA Microarray" door Thomas Shafee - Eigen werk (CC BY 4.0) via Commons Wikimedia