Verschil tussen Exome en Transcriptoom

De grootste verschil tussen exome en transcriptoom is dat het exome is de complete sequentie van alle exons in eiwitcoderende genen in het genoom, terwijl het transcriptoom de verzameling van boodschapper-RNA-moleculen is afgeleid van proteïne-coderende genen. Bovendien dekt exome 1-2% van de totale genoomsequentie terwijl transcriptoom minder dan 4% van het totale RNA van de cel uitmaakt. 

Exome en transcriptoom zijn twee verzamelingen van sequenties in eiwit-coderende genen in het genoom. Beide hebben verschillende toepassingen in genomische studies en bij diagnose van ziekten. 

Key Areas Covered 

1. Wat is Exome
     - Definitie, feiten, technieken
2. Wat is Transcriptoom
     - Definitie, feiten, technieken
3. Wat zijn de overeenkomsten tussen Exome en Transcriptoom
     - Overzicht van gemeenschappelijke functies
4. Wat is het verschil tussen Exome en Transcriptoom
     - Vergelijking van belangrijke verschillen

Sleutelbegrippen

Exon, Exome, mRNA, Proteïne-coderende genen, transcriptoom

Wat is Exome 

Het exoom is de verzameling van exons in de eiwitcoderende genen van het genoom van een bepaald organisme. De coderende sequentie van het genoom is geclusterd in genen, die ofwel kunnen worden gecodeerd voor eiwitten of RNA. In het prokaryote genoom wordt de coderende sequentie niet onderbroken door andere sequenties, terwijl in het eukaryote genoom de coderende sequentie van het gen wordt onderbroken door niet-coderende sequenties die introns worden genoemd. Daarom worden de geclusterde coderende sequenties exons genoemd.

Figuur 1: Exons en Introns

In eiwit-coderende genen transcriberen RNA-polymerasen introns evenals exons in het precursor-mRNA tijdens transcriptie. De opgenomen introns worden verwijderd tijdens de volgende post-transcriptionele modificaties. De belangrijkste technologie die wordt gebruikt in de studie van het exoom is de whole-exome sequencing (WES). WES is betrokken bij de hybridisatie van het gefragmenteerde DNA van een bepaald genoom om de doel-DNA-sequenties te identificeren gevolgd door sequencing. 

Wat is Transcriptoom 

Transcriptoom is de totale set van mRNA's die in een cel worden uitgedrukt. Het is goed voor minder dan 4% van het totale RNA van de cel. Omdat transcriptoom de samenstelling van het proteoom specificeert, bepaalt het de biochemische capaciteit van die specifieke cel. Ook kan transcriptoom van een bepaalde cel niet worden gesynthetiseerd en het komt altijd naar de dochtercel van de oudercel tijdens celdeling. Transcriptie, wat het productieproces van RNA is, is dus de stap voor het in stand houden van het transcriptoom.

Figuur 2: Transcriptoom van pluripotente cel

Aan de andere kant, hoewel elke cel informatie bevat voor de productie van het volledige transcriptoom van de soort, zijn de tot expressie brengende genen in de cel ook afhankelijk van de omgevingsfactoren. De twee belangrijkste technologieën die worden gebruikt in de studie van transcriptomen zijn microarray en RNA-seq. 

Overeenkomsten tussen Exome en Transcriptoom 

• Exome en transcriptoom zijn twee reeksen nucleotidesequenties die in het genoom worden gevonden. 
• Beide zijn geassocieerd met de informatie in de genen die coderen voor het eiwit. 
• Ze bestaan ​​uit exons. 

Verschil tussen Exome en Transcriptoom 

Definitie 

Exome verwijst naar het deel van het genoom dat bestaat uit exons, die informatie coderen voor eiwitsynthese, terwijl transcriptoom verwijst naar de som van alle messenger-RNA-moleculen die tot expressie worden gebracht in de genen van een organisme. Het belangrijkste verschil tussen exome en transcriptoom spreekt dus voor zich van deze definitie.

Betekenis 

Vandaar dat het exoom de totale verzameling van exons in de proteïne coderende genen is, terwijl het transcriptoom de totale set van mRNA's is die in de cel tot expressie worden gebracht.. 

DNA of RNA 

Het exoom bestaat ook uit DNA, terwijl transcriptome bestaat uit RNA. 

Bedrag 

Exome vertegenwoordigt 1-2% van het totale genoom, terwijl transcriptoom minder dan 4% van het totale RNA van de cel vertegenwoordigt.

Niveau 

Een ander verschil tussen exome en transcriptoom is dat het exoom zich op genomisch niveau bevindt, terwijl het transcriptoom zich in het transcriptieniveau bevindt. 

technieken 

Verder is sequentiebepaling van hele exomen de techniek om het exoom te bepalen, terwijl microarray en RNA-seq het transcriptoom bepalen. 

Conclusie 

Het exoom is de volledige reeks exons in het genoom bepaald door de WES van het genoom. Exome is dus een op DNA gebaseerd concept. Transcriptome is echter een op RNA gebaseerd concept omdat het de volledige set mRNA's van de cel is. Het belangrijkste verschil tussen exome en transcriptoom is hun concept. 

Referentie:

1. Warr, Amanda et al. "Exome Sequencing: huidige en toekomstige perspectieven." G3: Genen | Genomes | Genetics 5.8 (2015): 1543-1550. PMC. Web. 6 Sept. 2018. Hier beschikbaar
2. Bruin TA. Genomen. 2e editie. Oxford: Wiley-Liss; 2002. Hoofdstuk 3, Transcriptomen en Proteomen. Beschikbaar Hier

Afbeelding met dank aan:

1. "DNA exons introns" door National Human Genome Research Institute - (Public Domain) via Commons Wikimedia  
2. "Het transcriptoom van pluripotente cellen" Door Grskovic, M. en Ramalho-Santos, M., Het pluripotente transcriptoom (10 oktober 2008), StemBook, ed. The Stem Cell Research Community, StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. - [1] DirectStemBook Figuur 2 Het transcriptoom van pluripotente cellen. Grskovic, M. en Ramalho-Santos, M., Het pluripotente transcriptoom (10 oktober 2008), StemBook, ed. The Stem Cell Research Community, StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. (CC BY 3.0) via Commons Wikimedia