Verschil tussen Cosmid en Phagemid

De belangrijk verschil tussen Cosmid en Phagemid staat het type sequenties dat het bevat. Een Cosmid bevat een cos-site en een plasmide. Daarom is het een hybride vector, terwijl een Phagemid een plasmide is dat een F1-oorsprong van replicatie van de F1-faag bevat..

Cosmids en Phagemids worden gebruikt voor klonering, vooral om grotere DNA-fragmenten te klonen. Deze worden veel gebruikt, vooral bij het kloneren van genen die verantwoordelijk zijn voor de productie van verschillende eiwitten. Cosmids en Phagemids worden ofwel alleen als plasmiden gerepliceerd of worden in virale deeltjes verpakt en vervolgens gerepliceerd.

INHOUD

1. Overzicht en belangrijkste verschil
2. Wat is een Cosmid
3. Wat is een Phagemid
4. Overeenkomsten tussen Cosmid en Phagemid
5. Vergelijking zij aan zij - Cosmid versus Phagemid in tabelvorm
6. Samenvatting

Wat is een Cosmid?

Een Cosmid, aangeduid als een hybride plasmide, omvat cos-sites die zijn geëxtraheerd uit Lambda-faagdeeltjes en een plasmide. Deze cos-sites zijn lange fragmenten van DNA met 200 basenparen. Daarom hebben ze samenhangende of plakkerige uiteinden die het mogelijk maken dat het plasmide in het virale DNA past. Daarom zijn de cos-sites essentieel voor het verpakken van het DNA.

Er zijn drie cos-sites;

• cosN-site - betrokken bij het inkepen van de DNA-streng door terminase-activiteit
• cosB-site - bezig met het vasthouden van de terminase.
• cosQ-site - betrokken bij het voorkomen van de afbraak van het DNA door DNasen.

Figuur 01: Cosmid

Ook kunnen Cosmids enkelstrengig DNA of dubbelstrengig DNA repliceren met behulp van een geschikte oorsprong van replicatie. Cosmiden bevatten gewoonlijk antibioticumresistentiegenen als markers voor selectie van transformanten. Het gebruik van een cosmide als een vector kan dus het kloneren vergemakkelijken, en de restrictie-enzymdigestie van de vector kan dan deze fragmenten extraheren.

Wat is een Phagemid (fasmide)?

Phagemid, ook genoemd als fasmide, is ook een type hybride vector. Phagemid bevat een speciale oorsprong van replicatie die wordt aangeduid als de f1-replicatieoorsprong. De fl oorsprong van replicatie extraheert uit een fl-faag.

Phagemid kan zowel enkelstrengs als dubbelstrengig DNA repliceren. Replicatie kan plaatsvinden als een plasmide terwijl het onafhankelijke replicatie ondergaat of kan worden verpakt in faagdeeltjes en uiteindelijk bacteriële gastheer infecteren E coli. Bij het infecteren van de E coli cellen, de f1-faag vereist de aanwezigheid van een pilus. Vandaar dat de sex pili belangrijk zijn tijdens in vitro verpakking van Phagemids.

Wat zijn de overeenkomsten tussen Cosmid en Phagemid?

• Zowel Cosmid als Phagemid zijn kloneringsvectoren die worden gebruikt in recombinant DNA-technologie.
• Cosmid en Phagemid kunnen enkelstrengs en dubbelstrengig DNA repliceren.
• Beide kunnen een onafhankelijke replicatie ondergaan die vergelijkbaar is met plasmiden.
• Cosmid en Phagemid kunnen ondergaan in vitro verpakken en infecteren van bacteriële cellen.
• Zowel Cosmid als Phagemid hebben een geschikte replicatieoorsprong nodig voor klonen.

Wat is het verschil tussen Cosmid en Phagemid?

Cosmid versus Phagemid
Cosmid is een hybride vector die een cos-site en een plasmide bevat.	Phagemid is een plasmide dat een F1-oorsprong van replicatie van de F1-faag bevat.
Aanwezigheid van Cos-sites
Cos-plaatsen zijn aanwezig in cosmide en zijn noodzakelijk voor in vitro-verpakking.	Cos-sites zijn afwezig in fagemide.
Aanwezigheid van F1 Origin of Replication
In het cosmide kan de oorsprong van replicatie wel of niet aanwezig zijn.	F1-oorsprong van replicatie is aanwezig in fagemide.
Aanwezigheid van antibioticumbestendige genen
Antibioticaresistente genen zijn aanwezig in cosmiden om de transformanten van niet-transformanten te identificeren.	Antibioticaresistente genen zijn afwezig in phagemids.
Eis van In Vitro Packaging
Vereist een cos-site.	Vereist een geslachtspilus.

Samenvatting - Cosmid vs faagmide

Cosmid en Phagemid zijn kloneringsvectoren die worden gebruikt in recombinant DNA-technologie. Cosmids zijn hybride vectoren die speciale kleverige uiteinden bevatten, bekend als cos-sites. in-vitro verpakking vereist deze cos-sites. Hoewel fagemiden plasmiden zijn die een fl-oorsprong van replicatie bevatten, geëxtraheerd uit f1-faag. Zowel cosmide als faagmide kunnen een onafhankelijke replicatie ondergaan of in vitro verpakking voor bacteriecellen. Dit zijn de belangrijke verschillen tussen cosmid en fagemide.

Referentie:

1.Qi, H, et al. "Phagemid-vectoren voor faagdisplay: eigenschappen, kenmerken en constructie." Journal of Molecular Biology., U.S. National Library of Medicine, 30 maart 2012. Beschikbaar Hier 
2.Collins, J en B Hohn. "Cosmids: een soort Plasmid Gene-kloneervector die in Vitro opneembaar is in Bacteriophage Lambda-koppen." Proceedings van de National Academy of Sciences van de Verenigde Staten van Amerika, de Amerikaanse National Library of Medicine, sept. 1978. Beschikbaar Hier  

Afbeelding met dank aan:

1.'Cosmid (Engels) 'Door Zlir'a (CC0) via Commons Wikimedia