Het woord 'Protoplasma' is afgeleid van het Griekse woord 'protos' wat 'plasma' betekent wat 'dingen gevormd' betekent. Protoplasma wordt beschouwd als de fysieke basis van het leven. Het protoplasma van een cel bestaat uit kern, celmembraan en cytoplasma. Cytoplasma is dus een deel van het protoplasma van een cel. Cytoplasma verschilt niet van protoplasma, maar een deel ervan. Cytoplasma en protoplasma zijn celsuspensies en bieden een site zodat biologische processen plaatsvinden. Het protoplasma is aan alle zijden gebonden aan een plasmamembraan of celmembraan, terwijl cytoplasma de substantie is die rond de kern in een cel aanwezig is.
Het cytoplasma bestaat uit cytosol, organellen en insluitsels terwijl het protoplasma bestaat uit cytoplasma, kern en celmembraan. Cytosol van cytoplasma bestaat uit water, zouten en organische moleculen. Organellen zijn de kleine orgaanachtige structuren aanwezig in een cel met vooraf gedefinieerde en specifieke functies. Insluitsels zijn onoplosbare deeltjes die in het cytoplasma aanwezig zijn.
Protoplasma wordt beschouwd als de levende substantie in de cel. Het is een complexe, doorschijnende substantie die semi-vloeibaar van consistentie is en voornamelijk bestaat uit nucleïnezuren, eiwitten, lipiden, koolhydraten en anorganische zouten.
Het belangrijkste verschil tussen cytoplasma en protoplasma is dat cytoplasma geen kern heeft, terwijl protoplasma een kern heeft, de structuur ervan. Cytoplasma is een organel van het protoplasma dat voornamelijk bestaat uit water en andere stoffen zoals eiwitten, voedselreserves en metabole afvalstoffen..
Het protoplasma is een viskeuze, kleverige substantie met gelei-achtige consistentie waar veel biologische en chemische cellulaire processen plaatsvinden. In de organismen die de aanwezigheid van een kern hebben, wordt het protoplasma dat de kern omgeeft aangeduid als cytoplasma. Alle inhoud van de cel wordt in het cytoplasma beschouwd in prokaryoten (organismen zonder kern), terwijl in de eukaryote organismen de cellulaire inhoud die in de kern aanwezig is, door een duidelijk kernmembraan van het cytoplasma wordt onderscheiden. De inhoud die in de kern aanwezig is, wordt genoemd als nucleoplasma.
Anorganische stoffen die het protoplasma vormen, zijn voornamelijk water, minerale zouten en gassen.
De organellen die in het cytoplasma aanwezig zijn, zijn golgi-lichaam, mitochondria, endoplasmatisch reticulum en ribosomen. Deze organellen hebben zeer specifieke en verschillende functies. Mitochondriën hebben de functie van cellulaire ademhaling terwijl de ribosomen fungeren als de locaties van eiwitsynthese. Andere belangrijke functies die voorkomen in het cytoplasma zijn glycolyse en processen van celdeling. Protoplasma wordt ook beschouwd als een levend deel van de cel omdat alle belangrijke processen die nodig zijn voor het leven van de cel plaatsvinden in het protoplasma. Van protoplasma wordt ook gezegd dat het het organisme vorm geeft, omdat het een doorschijnende, stroperige en waterige substantie is. Het levende protoplasma reageert op stimuli en verwijdert ook uitscheidingsproducten.
Het verschil tussen protoplasma en cytoplasma is zeer gering. Protoplasma is het gehalte van de cel, inclusief het celmembraan, cytoplasma en de celkern, terwijl cytoplasma de geleiachtige stof is die de kern in het celmembraan omringt. Het cytoplasma bevat de celorganellen zoals mitochondria, ribosomen enz. In prokaryoten, waar geen goed gedefinieerde nucleus is, werkt het cytoplasma ook als het nucleoplasma en bevat het chromatine.