Verschil tussen shRNA en siRNA

shRNA vs siRNA

Tijdens het proces van RNA-interferentie (RNAi) wordt de expressie van een doelwitgen afgebroken met hoge specificiteit en selectiviteit. RNAi is een natuurlijk proces en het heeft betrekking op klein interfererend RNA (siRNA) en kort haarspeld-RNA (shRNA) en bi-functioneel shRNA. Momenteel wordt RNAi veel gebruikt als een hulpmiddel voor gepersonaliseerde kankertherapie. De toepassingen van RNAi worden in principe gedaan met de chemisch gesynthetiseerde dubbelstrengs siRNA en vector-gebaseerde shRNA-moleculen. Hoewel deze twee moleculen vergelijkbare functionele resultaten hebben, verschillen ze in hun structuur; aldus verschillen de moleculaire werkingsmechanismen, de RNA-routes en de effecten buiten het doelwit van deze twee moleculen.

shRNA

shRNA is een sequentie van klein RNA-molecuul die een strakke haarspeldbocht maakt die kan worden gebruikt om een ​​doelgenexpressie tijdens RNAi de zwijgen op te leggen. Expressie van shRNA wordt bereikt door een vector, die een virus of een bacterie kan zijn of door afgifte van plasmiden. Ze worden gesynthetiseerd in de kern van cellen en getransporteerd naar het cytoplasma voor verdere processen. Deze moleculen hebben vergelijkbare rijpingstrajecten van miRNA; aldus heeft de synthese van miRNA de basis gelegd voor begrip van shRNA-synthese. Ofwel RNA-polymerase II of III kan shRNA via RNA-polymerase II- of III-promoters transcriberen. Het voordeel van het gebruik van shRNA's is dat ze een relatief lage afbraaksnelheid en omzet hebben. Het nadeel is dat het een expressievector nodig heeft, die enkele veiligheidskwesties kan veroorzaken.

siRNA

siRNA's zijn dubbelstrengige RNA-moleculen die bestaan ​​uit 20-25 basenparen lang. Deze worden gebruikt voor genonderdrukking door elk gen uit te schakelen met een complementaire nucleotidesequentie in de RNAi-route. Gene knockdown door transfectie van siRNA is vaak niet succesvol vanwege het voorbijgaande effect; vooral in snel delende cellen en de onderdrukking duren niet langer. Om dit probleem te verhelpen, wordt het siRNA gewijzigd door een korte haarspeldstructuur te introduceren. Dit gemodificeerde molecuul staat toen bekend als shRNA. shRNA moet door een Dicer in siRNA worden omgezet om zijn normale functie te behouden.

Wat is het verschil tussen shRNA en siRNA?

• In tegenstelling tot het siRNA heeft shRNA een extra haarspeldstructuur. shRNA is een aangepaste versie van siRNA.

• shRNA vereist een expressievector, terwijl siRNA dat niet doet.

• shRNA kan worden gebruikt voor langdurige knock-out, terwijl siRNA alleen kan worden gebruikt voor de korte-termijn knockdown van genen.

• In tegenstelling tot de genonderdrukking van siRNA, is de onderdrukking van shRNA langdurig en als het via een geschikte virale vector wordt geïnsereerd, kan het permanente gen-silencing-effecten veroorzaken.

• Dicer is vereist om het shRNA terug naar het siRNA-molecuul om te zetten om zijn normale functies uit te voeren.