Het verschil tussen lophotrochozoa en ecdysozoa, de twee belangrijkste bilaterian, wordt besproken in dit artikel. Op basis van de recente studies met nucleaire en mitochondriale DNA-sequenties, hebben wetenschappers de taxonomie van Animal Kingdom herzien. Volgens de nieuwe moleculaire fylogenieën identificeren wetenschappers deuterosomen als een afzonderlijke natuurlijke groep. Bovendien is de hoofdgroep van protostomen nu verdeeld in twee monofyletische bilaterale groepen, Lophotrochozoa en Ecdysozoa genaamd. Vandaar dat het dierenrijk nu bestaat uit drie grote monofyletische clades van tweezijdige dieren; lophotrochozoa, ecdysozoa en deuterstomia. De clade dueterostomie is verder onderverdeeld in twee subgroepen; (a) ambulacraria, die stekelhuidigen omvat, en (b) chordaat, dat urochordaten, cephalochordaten en vertebraten omvat. Lophotrochozoa en ecdysozoa worden verder onderverdeeld in meer en meer subgroepen op basis van hun moleculaire fylogenieën.
De karakteristieke kenmerken van de groep lophotrochozoa zijn de aanwezigheid van een trochophoorlarven en een voedingsstructuur genaamd lophophore. Echter, slechts enkele lophotrochozoans bezitten beide karakteristieke kenmerken. Lophotrochozoans worden seksueel gereproduceerd door hun gameten vrij te geven in de omgeving. Aseksuele voortplanting is ook gebruikelijk in deze categorie. Elk lid van deze groep is triploblast en vertoont bilaterale symmetrie. Zowel land- als waterdieren worden in deze groep aangetroffen. Lophotrochozoa is onderverdeeld in zes subgroepen; (a) platwormen (Platyhelminthes, waaronder turbellarians, trematodes en cestodes), (b) Nemerteans (lintwormen), Weekdieren (chitons, gastropoden zoals slakken, naaktslakken, naaktslakken, tweekleppigen zoals tweekleppigen en oesters, koppotigen zoals inktvissen en octopus ), (c) Annelids (polychaetes zoals sandworms en tubeworms, oligochaetes inclusief regenwormen en zoetwaterwormen, hirudinids, waaronder bloedzuigers), (d) Lophophorates (branchipoden, phoronids en bryozoans), en (e) Rotifera (wieldieren).
De naam ecdysozoan wordt aan deze groep dieren gegeven vanwege de aanwezigheid van speciaal steroïde hormoon ecdysteroïden, die het opgeroepen proces bestuurt vervelling of metamorfose. Ecdysozoën bezitten een cuticulair skelet en zijn in staat om het skelet via de ecdysis af te werpen. De meeste leden van deze groep hebben gescheiden geslachten. Tijdens de seksuele reproductie leggen mannen sperma af in het lichaam van de vrouw. Veel ecdysozoën zijn solitaire soorten, terwijl sommige soorten in kolonies leven. Bepaalde soorten vertonen aseksuele voortplanting door parthenogenese.
De belangrijkste subgroepen van ecdysozoën zijn nematodas (rondwormen), onychophorans (velvet wormen), tardigrades ("waterberen") en geleedpotigen. Phylum Arthropoda is de grootste groep met het grootste aantal soorten en bestaat voornamelijk uit myriapoda's (duizendpoten, duizendpoten), cheliceraten (hoefijzerkrabben, spinachtigen), kreeftachtigen (kreeften, krabben, zeepokken, roeipootkreeftjes) en hexapoden (insecten).
• Ecdysozoën hebben het vermogen om hun exoskelet een aantal keer tijdens hun levensduur af te werpen, terwijl lophotrochozoan de dieren zijn die een trochophore-larven en een voedende structuur bezitten die lophophore wordt genoemd.
• In tegenstelling tot de lophotrochozoan bezitten ecdysozoën een speciaal steroïde hormoon dat ecdysteroïden wordt genoemd.
• Ecdysozoa omvatten de nematoden, geleedpotigen, onychophorans en tardigrades, terwijl lophotrochozoan platwormen, nemerteanen, weekdieren, ringwormen, lophophoraat en rotifer omvatten.